Di tingkat pascasarjana, program Teknik Mesin berfokus pada penelitian melalui pendidikan berbasis laboratorium untuk menghasilkan lulusan dengan bidang keahlian khusus Area spesialisasi mulai dari sistem energi, mekanika fluida, perpindahan panas, teknik kendali, robotika, rekayasa desain, dan rekayasa bahan. Melalui fokus penelitian terbimbing, program ini mempersiapkan mahasiswa pascasarjaan yang memberikan kontribusi nyata dalam bidang Teknik Mesin dan bidang terkait lainnya. ME Unhas secara konsisten melakukan kolaborasi penelitian dengan lembaga-lembaga nasional dan internasional untuk peningkatan mutu lulusan pascasarjana Teknik Mesin. Program pascasarjana yang dibuka adalah Magister Teknik Mesin dan program Doktor Teknik Mesin yang menawarkan pilihan sub-bidang studi berikut: Konstruksi Mesin, Konversi Energi, dan Energi Baru Terbarukan
Kurikulum yang ditawarkan oleh Pascasarjana Teknik Mesin dapat dilihat melalui laman berikut.